Ankara Swiss Otel'de gerçekleştirilen kura çekimine Türkiye Futbol Federasyonu (TFF) Yönetim Kurulu Üyesi İbrahim Usta, TFF Genel Sekreter Vekili Nusret Bağışkiter ve ilk kademede mücadele edecek takımların yetkilileri katıldı.

Birinci kademedeki karşılaşmalar 30 Ağustos 2006 tarihinde tek maçlı eleminasyon sistemine göre oynanacak. Karşılaşmaların berabere bitmesi durumunda uzatma devrelerine geçilecek. Uzatma devrelerinde değişiklik olmazsa, tur atlayan tarafı penaltı atışları belirleyecek.

Çekilen kuraya göre, Fortis Türkiye Kupası'nda 1. Kademe eşleşmeleri şu şekilde oluştu:

Kahramanmaraşspor-Mardinspor
İstanbulspor-Zeytinburnu
Kartalspor-İstanbul Büyükşehir Belediyespor
Kasımpaşa-Çanakkale Dardanelspor
İnegölspor-Kocaelispor
Etimesgut Şekerspor-Gebzespor
Karşıyaka-Altay
Bucaspor-Fethiyespor
Alanyaspor-Mersin ??dman Yurdu
Eskişehirspor-Uşakspor
Keçiöerengücü-Türk Telekom
Yimpaş Yozgatspor-Gençlerbirliği Oftaşspor
Gaziantep Büyşükşehir Belediyespor-Diyarbakırspor
Siirtspor-GASKİspor
Malatyaspor-Elazığspor
Akçaabat Sebatspor-Ünyespor
Erzincanspor-Orduspor
Samsunspor-Arsinspor